Hay dos formas de gestionar la cobranza de las empresas, dependiendo del grado de integración que cada una requiera. Ambos modelos pueden informar el pago en tiempo real, incluso para los medios de pago extra bancarios, optimizando así la experiencia de compra de los clientes, ya que la empresa puede liberar los productos o servicios más rápido.

Un Facilitador es aquel que brinda a las empresas las herramientas necesarias para gestionar la cobranza a través de distintos medios de pago, sin intermediar entre éstos y la empresa, informando el estado de los pagos y los montos de recaudación a percibir de cada uno de los medios de pago. Para implementar este modelo, cada empresa debe afiliarse en forma directa a los medios de pago que desea ofrecer a sus clientes, presentando la documentación requerida por cada uno de ellos. Para darse de alta en este modelo en PagosPyme, sólo es necesario un número de CUIT y una cuenta bancaria.
Sus principales ventajas son que las comisiones suelen ser más bajas porque pueden ajustarse a cada medio de pago, y que la recaudación llega más rápido a la empresa.

Un Agregador concentra la cobranza de los distintos medios de pago contratados por una empresa. En este modelo, es el Agregador quien gestiona y utiliza sus propios números de comercio para las transacciones de las empresas contratantes, a quienes deriva la recaudación de cada medio de pago una vez percibida. De esta manera, las empresas pueden monitorear la totalidad de su cobranza y saber cuándo recibirán los fondos en su cuenta, de manera simple. Una de sus principales ventajas es que permite habilitar varios medios de pago en cuestión de horas y con mínimos requisitos.